La palabra lis es un galicismo que significa lirio. La flor de lis es una representación de la flor de lirio. En la heráldica francesa es un mueble muy difundido. El diseño se remonta a una época muy antigua de la historia de esta ciencia. Se la puede nombrar como flor de lis o amacayo.
En el siglo XIV, ya aparece como emblema de la casa de Lancaster (dinastía real inglesa), que adopta la representación de 3 flores de lis y 3 leopardos pasantes, para su escudo. Catalina de Lancaster (nieta de Pedro I de Castilla) fue la patrocinadora del monasterio de Santa María la Real de Nieva en la provincia de Segovia, por eso puede verse allí su escudo con las 3 flores de lis.
En el año 1084, el rey de Castilla y de León Alfonso VI conquistó Madrid. Por aquellos días se sabía que en la muralla de la ciudad se hallaba escondida una imagen de la Virgen. El rey mandó llamar al último superviviente que sabía algo sobre esta cuestión, una mujer llamada María. Por tradición familiar sabía cómo era la imagen pero desconocía el lugar exacto donde pudiera estar. La reina Constanza de Borgoña (tercera esposa de Alfonso VI) la mandó llamar para poder hacer con su descripción lo que hoy se llamaría un retrato robot. Una vez terminado, mandó que se añadiera una flor de lis. De esta manera la Virgen de la Flor de Lis fue la primera representación de la Virgen que hubo en el Madrid conquistado. Más tarde se llegó a encontrar la talla escondida en la muralla y es la imagen que hoy se conoce como la Almudena (de almudaina = muralla).
Aunque suponga un gran salto en la historia del uso de este símbolo resulta preciso señalar que la flor de lis, rodeada de una cuerda que acaba en un nudo "rizo", fue adoptada por Robert Baden-Powell para el Movimiento Scout Mundial como símbolo propio.
Quizás la teoría más aceptable es que se trate de una estilización de la flor de un lirio, sin embargo se encuentran flores de lises esquemáticas, estilizadas, hechas durante el medioevo constituidas por una espada vertical central y dos báculos pastorales a los costados, el guardamonte de la empuñadura horizontal fusionaba los dos báculos, en tal caso el simbolismo parecía ser la alianza de los estamentos del clero y la nobleza; el psicoanálisis por su parte ha interpretado a la flor de lis como un símbolo fálico o, más aún, una forma sublimada (y probablemente inconsciente) de representar los genitales masculinos o la virilidad.